Les Directions Générales sont placées sous l’autorité hiérarchique du Secrétaire Permanent. Elles ont pour missions de superviser, coordonner, animer et évaluer les Départements de leur ressort. Ce sont les suivantes :

• La Direction Générale de Coordination Chargée des affaires économiques et Sociales;
• La Direction Générale de Coordination chargée des Affaires Politiques et Sécuritaires;
• La Direction Générale de l’Administration et des Finances.